A Anvisa é dirigida por uma diretoria colegiada composta por cinco integrantes com mandatos de três anos, cujo começo e término não são coincidentes entre si.  Os dirigentes são sabatinados pelo Senado Federal antes de sua nomeação e têm estabilidade durante o período do mandato. Dentre os cinco, um é designado por decreto do Presidente da República para exercer o posto de diretor-presidente. As decisões são tomadas em sistema de colegiado, por maioria simples.

O funcionamento e ordem dos trabalhos das reuniões da Diretoria Colegiada são regulamentadas pela  Portaria nº 85 de 31 de janeiro de 2013Portaria nº 1086 de 06 de julho de 2012 e Portaria nº 616 , de 24 de abril de 2012